Pesantren sebagai lembaga pendidikan Islam merupakan lembaga yang berupaya menanamkan nilai-nilai Islam dalam diri para santri untuk melahirkan individu dan masyarakat ahsanu taqwim. Sedangkan mayoritas pesantren berada di wilayah pedesaan dan sangat menyatu dengan kehidupan masyarakat, sehingga sangat berpengaruh terhadap seluruh aspek kehidupan masyarakat Islam di pedesaan.
Pesantren didirikan sesuai dengan kondisi waktu lembaga itu didirikan. Dalam era globalisasi, dalam dunia yang terbuka, maka paradigma yang mendasari lahirnya pesantren perlu ditinjau kembali. Paradigma yang mendasari lahirnya pesantren dewasa ini sudah tidak relevan lagi dengan perkembangan Iptek dan tuntutan pembangunan nasional Indonesia. Paradigma-paradigma pesantren sangat sektoral dan mempunyai visi sangat terbatas dengan melakukan dikotomi ilmu agama dan umum.